妙円寺は、江戸時代初期（寛永４年・１６２７年。時の将軍は徳川家光）に円成院日光上人が四谷の千日谷（現在の慶応病院からほど近い場所）に草庵を建立したのが始まりです。
しかしこの時期妙円寺の護持は大変に厳しく、元禄の頃お堂は傷んで大破、その復旧もままならない状況でした。

千葉県・小湊誕生寺の住職はこの状況を深く嘆き、元禄１６年に立正院日寛上人を妙円寺の７代目住職とし、その復興に当たらせました。
日寛上人はお寺の興隆に力を注ぎましたが、千日谷の土地は湿地で、しかも狭い借地であったため困難が多かったようです。

そんな折、檀家である村の名主・清水又兵衛様から土地の寄進を受けた事を機に、宝永３年（１７０６年）妙円寺は現在の場所に移転しました。
日寛上人は当地で本堂・客殿・庫裡などを相次いで建立し、お寺を盛り立てる為の努力を重ねました。
この経緯により、日光上人を開山（新しくお寺をつくったお坊さんの事）、日寛上人を中興開山としています。